Wie nach jeder Operation sind auch bei einer Lungentransplantation Komplikationen möglich. Eine Gruppe von Komplikationen bezieht sich auf die Folgen bzw. Schwierigkeiten der Chirurgie, beispielsweise kann es zu Blutungen kommen, auch Lähmung des Zwerchfells oder Auseinanderklaffen der Nahtstellen sind mögliche Komplikationen

Als Folge der dauerhaften Herabsenkung der körpereigenen Abwehr durch die immunsuppressive Therapie besteht eine hohe Infektanfälligkeit. 75 Prozent der Infektionen betreffen die Atemwege. Der bedeutendste Erreger ist dabei das Cytomegalievirus CMV, das bei Menschen mit intaktem Immunsystem nur leichte grippeähnliche Symptome verursacht. Bei Transplantierten jedoch kann eine CMV- Infektion schwere Herzmuskel- oder Lungenentzündungen auslösen und sogar eine Abstoßung des Organs bewirken.

Akute Abstoßungsreaktionen kommen in den ersten 3 Monaten am häufigsten vor, aber auch Jahre nach Lungentransplantation sind akute Abstoßungsepisoden möglich. Zu den Symptomen zählen Abgeschlagenheit, verminderte Belastbarkeit, Anstieg der Körpertemperatur, Atemnot und Husten. Die definitive Diagnose kann durch die mikroskopische Untersuchung eine Gewebeprobe gestellt werden, die bei einer Spiegelung der Bronchien gewonnen wird. Die gefürchteten Abstoßungsreaktionen bewirken eine schlechtere Sauerstoffversorgung des Blutes, einen Abfall der Messwerte bei der Lungenfunktion und Verdichtungen des Lungengewebes auf dem Röntgenbild. Therapeutisch wird dann kurzzeitig hochdosiert Kortison gegeben, was meist ambulant möglich ist, manchmal aber auch eine stationäre Aufnahme erforderlich macht. Die Behandlung besteht in einer vorübergehenden Erhöhung der immunsuppressiven Therapie.

Mehrere akute Abstoßungsreaktionen können zur Entwicklung der gefürchteten Bronchiolitis obliterans (BOS) beitragen, die die bedeutendste Komplikation im Langzeitverlauf darstellt. Das BOS ist eine entzündliche Reaktion im Bereich der mittleren Atemwege (Bronchien), deren Wände langsam verdicken. Dies führt zu einer schweren, obstruktiven Lungenerkrankung und ist die häufigste Todesursache jenseits des ersten Jahres nach der Transplantation. Fünf Jahre nach der Transplantation leiden ca. 34 Prozent der Empfänger einer Lunge unter BOS. Die Behandlung ist schwierig, nur in einem Drittel der Fälle kann mit höherer Immunsuppression eine Verbesserung erzielt werden, in anderen Fällen hilft nur eine erneute Lungentransplantation.

Wegen der Schwächung des körpereigenen Abwehrsystems ist das Risiko für die Entwicklung von Tumoren etwas erhöht.

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